如何根据vcf文件计算SNP密度并用circlize可视化结果

如何根据vcf文件计算SNP密度并用circlize可视化结果，很多新手对此不是很清楚，为了帮助大家解决这个难题，下面小编将为大家详细讲解，有这方面需求的人可以来学习下，希望你能有所收获。

成都创新互联于2013年创立，是专业互联网技术服务公司，拥有项目成都网站建设、成都做网站网站策划，项目实施与项目整合能力。我们以让每一个梦想脱颖而出为使命，1280元玉溪做网站,已为上家服务,为玉溪各地企业和个人服务,联系电话:18980820575

命令

vcftools --vcf snp.bialles.vcf --SNPdensity 100000 --out StatResults/SNPdensity

100000 是指定窗口长度
--out 是输出文件的前缀

使用R语言中的circlize包画图

代码

df<-read.table("SNPdensity.snpden",sep="\t",header=T)
head(df)
df<-df[,c(1,2,4)]
colnames(df)<-c("Chr","X","Y")
head(df)
df$X<-df$X/1000000
options(scipen=999)
library(circlize)
library(RColorBrewer)
col<-RColorBrewer::brewer.pal(8,"Paired")
circos.initialize(factors=df$Chr,x=df$X)
circos.trackPlotRegion(factors=df$Chr,y=df$Y,
                       panel.fun=function(x,y){
                         circos.axis()
                       },track.height = 0.05)

for(i in 1:8){
  highlight.sector(sector.index = paste0("LG",i),col=col[i])
  circos.text(CELL_META$xcenter, CELL_META$ycenter,
              labels = paste0("LG",i),
              sector.index = paste0("LG",i),cex=0.5)
}
circos.trackPlotRegion(factors=df$Chr,y=df$Y)
circos.trackLines(df$Chr,df$X,df$Y,col=col)
circos.trackPlotRegion(factors=df$Chr,y=df$Y)
circos.trackPoints(df$Chr,df$X,df$Y,col=col,cex=0.5)
circos.trackPlotRegion(factors=df$Chr,y=df$Y)
circos.trackHist(df$Chr,df$X,col=col)
circos.clear()

看完上述内容是否对您有帮助呢？如果还想对相关知识有进一步的了解或阅读更多相关文章，请关注创新互联行业资讯频道，感谢您对创新互联的支持。

文章题目：如何根据vcf文件计算SNP密度并用circlize可视化结果
当前URL：http://wjwzjz.com/article/jhdedo.html

新网创想网站建设，新征程启航

如何根据vcf文件计算SNP密度并用circlize可视化结果

其他资讯